經過調查發現，養殖戶在使用這類肥料中存在很多誤區，主要體現在觀念和使用方法上。
目前，微生物肥料包括微生物菌劑，復合微生物肥料(菌肥)，生物有機肥(菌肥)這三類。
在使用過程中，微生物肥料在提高養殖塘水體的肥力，防控病害，提高水產品品質作用顯著，但用戶使用后反映不一，同一批次的品種在不同場景，不同時期，不同用量的情況下效果也不一樣。
經過調查發現，養殖戶在使用這類肥料中存在很多誤區，主要體現在觀念和使用方法上。
第一部分:7個觀念誤區
誤區一：僅靠見效速度評價產品好壞
微生物的生命活動，除了會分解養殖塘水體中難溶及被固定的元素，增加營養元素的供應量，利用自然界的物質轉化為水體中藻類生長所必須的物質，促進養殖品種產量提高外，還能快速培育有益藻類及其他浮游生物。
微生物肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量、菌群生長周期關系緊密，這一點是與化學肥料的最大區別，這也就出現了微生物肥料速效性不如化學肥料的原因和現象。見效慢并不意味著菌劑和菌肥是無效果的，能在較短時間內就可以看到養殖塘明顯改善的品種未必是好的菌肥或菌劑。
誤區二：分不清使用的是菌劑還是菌肥
微生物菌劑是指有益菌經過工業化生產擴繁制成的活菌制劑，它具有直接或間接改良水質，恢復水體菌藻平衡，降解有毒、有害物質的作用。微生物菌肥包含復合微生物肥料和生物有機肥。復合微生物肥料是指有益菌經過工業化生產增殖后與營養物質復合而成的活菌制品。
生物有機肥是指有益菌經工業化增殖后與主要動植物殘體(畜禽類糞便、農作物秸稈等)為來源并經過無害化處理的有機物料復合而成的活菌制品。菌劑、菌肥最大的區別在于產品中營養物質及有機物料的含量，使用中需要結合實際需求選擇對路的產品。
誤區三：一種產品中菌種類越多越好
復合菌劑的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種的拮抗，影響效果發揮。選擇時，一定要看活菌的數量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌數量越大效果會表現越好。影響產品使用效果的因素除了菌的種類及數量外，菌的純度至關重要。當產品中霉菌雜菌數超標時也會影響應用。
市場上少數不合格產品中會有致病菌。本意是用有益菌修復水體，使用了不合格品種，反而會引起致病菌繁殖，導致病害產生。
誤區四：一次使用，作用可持續多年
部分微生物菌種施入水體后會大量繁殖，當數量達到一定程度就會成為優勢菌群，但隨著外部環境的改變如化肥的超量使用、殺菌劑、殺蟲劑的使用，都會導致有益菌死亡。從而影響有益菌在養殖塘水體中的地位，要繼續保持有益菌的地位就需要在水產養殖過程中多次使用微生物肥料來補充有益菌。
誤區五：認為一種菌可以解決多種問題
少數養殖戶在選購微生物肥料時只注重是不是活菌，而不關注菌的種類，缺乏對癥用菌的意識，產品效果難以發揮，難以達到使用目的。不同品種的菌具有的功能不同，微生物肥料的作用會體現在六個放面:提供養分功能;產生并促進水體中藻類生長繁殖的營養物質;促進有機肥料腐熟功能;改善水產品品質功能;增強養殖品種的抗病功能;改良和修復養殖塘水體的功能。
要結合需求、菌種的特點、菌種的功能選用對癥的菌群。
誤區六：超過保質期使用就沒有效果
超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待，如熒光假單胞菌制劑品(液體)，超過保質期使用非但沒有減效，作用較保質期之前使用更突出，當然，這只是個例，有待進一步研究。
誤區七：微生物肥料可以代替化肥
養殖塘水體的肥力由生物肥力、化學肥力物理肥力三部分組成，使用微生物肥料后能提高水體的生物肥力，可以間接促進化學肥力和物理肥力的提高。
使用微生物肥料不能完全代替化肥，但可以提高肥料利用率和減少部分化肥的投入。
第二部分:3個使用方法誤區
誤區一：與化學藥物混用，降低菌種的活性
微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺菌劑混合使用或長時間放在一起，極易影響菌的活性并造成部分菌死亡。
誤區二：用量不足，效果打折扣
使用微生物肥料產品能取得好的效果，前提是要用足量，養殖塘的微生物種類繁多、數量巨大，接種的外來有益菌要形成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和水體中原有微生物的競爭。
為了促進養殖塘水體中的有益菌繁殖，就需要人為創造有利于有益菌生長的條件，如調整水體的酸堿度、增加有益微生物菌的數量等。
誤區三：使用時機掌握不當
微生物肥料的使用方法靈活多樣，應避免在高溫強光下使用，與未腐熟的畜禽糞混合使用時，腐熟過程中的高溫對菌劑活性和數量會產生影響，建議將畜禽糞腐熟后再與菌肥或菌劑混用，微生物肥料的六個方面的作用，是建立在活菌繁殖的基礎上的，活菌繁殖需要時間，為了更好地發揮菌肥的效力，應避免在養殖塘水體已經出現脫肥或需肥高峰期使用，應將使用生物菌肥的時間提前到菌種衰退期前或需肥高峰期來臨前的7～10天。
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